简单来说，寺院属佛教，神社属神道教，是两个不同宗教的设施。不管佛教还是神道，对日本人而言都影响重大。多数日本人信仰佛教和神道教，并且供奉各自的神灵，每年正月会参拜神社，也会遵从佛教的方法举行葬礼。接受两种宗教并且毫无违和感，这也是日本文化的独特之处。其实从外观看很容易区分寺院和神社，有佛像和墓碑的地方是寺院，有鸟居的则是神社，但若要想真正分清神社、寺院，那么还要从神道和佛教的渊源说起。
日本神道教简介
神道教起源于日本，起初发展自一个小村落的民间信仰及对大自然的敬仰而来，慢慢传到日本全国后，最终发展成为一种宗教，称为“神道教”。 神道教讲究净明正直，净即洁净；明即光明；正即诚实；直即正直等4种概念组成，神道教认为污秽的事物是由外来的。其次多神崇拜是神道教的文化，神道教的众神包括悲剧地死去、或是生前对世界有很大贡献的先人，也有来自被古人所记载、由大自然、天气、大地等等而生的古代神祇。神道教有很多很多的神，所以有一句日语片语叫作“八百万之神”（八百万の神），意指为数众多的所有神明。另外，在神道教的观念中，大自然与神被视为一体，由一个日本小村落的古时民间信仰来看，大自然本身及包含的所有事物都是被崇敬的，而且被视为神，例如山即被尊崇为山神。需要一提的是，神道教没有一位正式的创始人。在基督教有耶稣，但在在神道教，并没有先知和创始人。而且，在奈良时代，神道教曾经与佛教融合成为一个宗教，这个状况一直维持到明治时期。明治时期，人们把对天皇的崇拜和对神道教的崇拜混合起来，形成一种新的宗教，叫作国家神道。但第二次世界大战结束后，国家神道就没落了，时至今天，神道教入主了神社，亦被称为现代/神社神道。现在的神道教作为与国家政治无关的民间宗教继续存在。
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日本佛教与神道教的渊源
神道教在佛教传入之前是没有名字的，直到五世纪时佛教从中国传入，日本人才把他们传统的宗教称为「神道」。这些中国僧侣带来的除了佛教还有当时中国的先进技术，佛教风头一时无两。佛教初传入日本时，神道教信徒甚为反对。由大陆渡来的有力氏族，例如苏我氏，支持佛教。日本本土的氏族，物部氏和中臣氏拥护神道教，反对佛教。佛教僧侣具有大陆先进的知识，天皇因此支持佛教，一时神道教失势。然至8世纪末，佛教僧的权力亢进，天皇欲抑制佛教的势力，因而神道教再度得势，两种宗教逐渐互相混合，百姓信仰两宗教。于是佛教寺院和神道教的神社，两者浑然。这个时期被称为「神佛习合」，当时日本人把神和佛当成同一信仰体系。本来以为神佛二教可以一直和平相处，但是到了幕府政权的年代，为了禁绝天主教的传播，德川幕府极力推广佛教，甚至还将神道教划归佛教管辖。从此之后二百多年间佛教成功上位，神道教被打入冷宫，直到明治维新时期，政府为了塑造天皇至高无上金光闪闪的统治者形象重新力捧神道，因为当时人们相信天皇就是天照大神的后代。为了拯救当时处于下风的神道教，天皇就下了一道神佛分离令，国教地位是不容置疑的！本来只是想要强调一下神道教的地位，但结果下面的人以为佛教失宠了、任人鱼肉了，因此就引发了「废佛毁释」运动，造成了大量佛寺佛像被毁；最后还是到了明治后期，政府宣布民众有自由信教的权利，佛教和神道教的斗争才真正平息。
寺院和神社的区别
【寺院】
在寺院，有和尚，尼姑等信仰佛教的修行者、还放置有佛像。有大日如来、药师如来、释迦如来、圣观世音菩萨等很多类佛像。就算无法区分佛像也不影响您的欣赏，当然具备一定知识的话参观寺院也更有乐趣！而在神社是无法看到供奉着的神灵像，但在寺院基本都可以看到佛像。多数日本人按佛教方式举行葬礼，也将墓碑墓牌等安置在寺院。
【神社】
神社，据说以被信仰的自然之地或举行神圣仪式的地方为起源。在神社，供奉着神道的诸神，神主或巫女等安排仪式的准备工作。在神社入口，都有鸟居。区分神灵的世界和人世间的建筑。多数神社以供奉着的神灵命名。因为神道有众多神明，所以相应地建造有很多神社。其中，大型神社称为○○神宫或○○大社。比如伊势神宫和出云大社。
