日本旅遊受歡迎的原因，除了有美景美食之外，還有方便的交通系統，鐵路及巴士網絡覆蓋整個日本，利用公共交通便可前往大部分的景點。但是每個國家的交通都可能有點不同，對於第一次到日本的人可能會感到迷茫，不知該如何購票及搭乘，以下就會一一為你解困。
鐵路
日本有完善的鐵路系統，由多家鐵路公司營運，如JR、東京metro、阪急等等，覆蓋日本每個地區。
JR
JR即日本旅客鐵道(Japan Railways)，原本是國營鐵路公司，在1987年才轉為民營化，旗下有6家客運公司 - JR東日本、JR西日本、JR北海道、JR東海、JR四國、JR九州，每家獨立經營，車票不互通，但有推出全國版本的周遊券「JR JapanRailPass」(全日本鐵路通票)，讓你用更便宜的價格遊覽日本不同地方。
而JR有營運新幹線，日本的新幹線技術為世界頂尖，能以超過時速200公里的速度運行，例如從品川前往名古屋只要一個半小時左右，相比一般電車要兩小時半可是快捷一倍。然而，新幹線的車費也昂貴很多，而且購買新幹線車票常讓旅客感混亂。
首先新幹線分指定席、自由席及綠色車廂，每一種車廂會有不同收費。指定席就是事前預約位置，能確保你能乘坐到指定的位置，一旦指定不能隨便更換；而自由席的位置是先到先得形式，不確保一定有位置坐下；綠色車廂也是指定席，而且座位較寬廣，有更舒適的乘搭體驗。
而搭乘新幹線需要一張搭乘票及特急券，所以有時候查找路線時會看到兩個金額，而車資就是兩張票券的總和，從東京前往大阪、青森、廣島的車費都要一萬至二萬日幣。
地下鐵
日本的地下鐵系統目前分佈於10個大城市，分別在東京、橫濱、札幌、仙台、名古屋、京都、大阪、神戶、福岡、埼玉、廣島，由當地的交通局或民營公司營運，而比較為人熟悉的有東京Metro及大阪地下鐵。地下鐵的服務範圍相對集中於市區內，而且車站距離較低，所以在市內旅遊使用地下鐵會比較方便。
私鐵
而私鐵就是各種由民營鐵路公司經營的鐵路，例如神奈川的京濱急行電鐵、關西的京阪電氣鐵道、京濱急行電鐵、阪神電氣鐵道等等。
路面電車
路面電車就是地面舖設軌道並利用電力行走的列車，在日本已尚餘不多，例如東京只剩下荒川線及世田谷線在行走，在九州的長崎、熊本，或是北海道會比較容易找到。而與電車不同，路面電車不需要先買車票，在下車時投幣或拍IC卡付款便可。
其實除了新幹線及路面電車，JR、地下鐵及私鐵的搭乘方法及車費都大同小異，只是在購買周遊券、一日券時要注意其涵蓋的路線範圍是否在自己的旅遊計劃中，不然以為省了車票錢，卻根本去不了想去的地方，要另外購買車票花費更多。
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巴士
另一個價格實惠的交通方法，就是乘搭巴士了！雖然一般較電車便宜，但車程時間會更長。在東京、大阪等鐵路系統完善的都市可能較少用到巴士，但在鄉郊地區，很多地方都只有巴士才能到達。
路線巴士
路線巴士就是沿著指定路線行走的巴士，中途可能有多個車站讓乘客上下車。路線巴士一般不如鐵路的班次那麼頻繁，快則10至15分鐘，慢則1至2小時才有一班，而且運行時間一天可能只有數小時，平日跟週末的安排也可能有不同。不過，巴士會按時間表準時到達指定的車站，所以乘客可先搜查時間，那就不怕錯過巴士了。
另外，日本的路線巴士通常是採用下車付款制，一般會在後方的車門上車，領取印有數字的「整理券」，巴士前方會設有屏幕顯示著不同數字的上車點的現時車費是多少，在下車時你需要付上符合整理券數字的車資，與整理券一起投進司機旁的錢箱。日本的巴士通常會設有找錢機，如果你的零錢不夠可以先去換零錢。而如果你用IC卡就方便多了，上車拍一次下車再拍卡一次便會自動計算好車資及付款。
高速巴士/夜行巴士
另一個旅客常接觸的就是高速巴士，高速巴士是來往不同城市的巴士，從隔鄰的縣分，到關東至關西等，車資比鐵路可能要便宜一半，但時間通常會比較長。例如從東京到京都，如利用新幹線的時間為2小時，車資約13,320日幣，但使用高速巴士的話，時間是7小時半，車資只要約2000-5000日幣。高速巴士跟路線巴士不同，需要預先購買車票，你可在網路上預約，有些也接受現場購票。
高速巴士在分日間及夜間，如果你不想花差不多一整天時間來搭車，那可以考慮選擇夜行巴士。夜行巴士通常在傍晚/晚上開始搭車，到翌日清晨就能到達目的地。夜行巴士有很多種類，有些附有洗手間或更寬敞的座位，由於車程很長，中途會在SA/PA服務區停車15-20分鐘，你可以自由選擇要不要下車休息。通常人們在夜行巴士上會睡覺，所以巴士會拉上遮光窗簾，而且等乘客全都入座後，車廂內的燈會全關閉，而作為乘車禮儀不可發出光芒或聲音，所以不能玩手機/看書/聊天或播放音樂。
計程車
很多人對於日本的計程車有昂貴的印象，日本不同地區的計程車收費不太一樣，首段收費一般為400-700日幣，然後按時間距離收費，每行走200多米加算80-100日幣。另外還有深夜或清晨的費用，或是高速公路的費用等等。如果你想使用計程車，可以在一些試算網站先評估一下車資。
日本的計程車雖然在車站比較容易找到，但如果到達偏僻的地方，就可能要致電計程車公司讓他們安排車子前來，你也可以先預約，讓車子在指定時間來接送。另外，日本的計程車司機服務很周到，其中一個特色是你不用自己開關車門，司機會按鈕開門給你。
飛機國內線
如果你要來往日本不同城市，除了新幹線及高速巴士，飛機國內線也是個不錯的選擇。有時候遇上航空公司的優惠，費用可能比新幹線還是便宜，而時間也比高速巴士要快，唯一要計算的是機場與城市中心的距離，例如利用成田機場的話便可能需要多花一筆車費及一小時多前往東京中心地區。
由於是國內航班，乘搭方法比國際線要簡單很多，不需要通過出入境海關的檢查。你只需要起飛前30分鐘前進行報到劃位，然後經過行李檢查，而且你可攜帶飲料上機，在出發時間10分前登機便可。
船
相信船是在日本最少用到的交通工具，除了來往離島，或是搭乘觀光船遊覽景點外，不容易找到船運。但如果你想體驗郵輪客船的話，在東京、橫濱、名古屋、京都、神戶、博多、長崎等地也有港口供郵輪停靠。
不會開車也不用擔心，日本有這麼多公共交通工具可以選擇，能帶你好好遊覽這個國家，欣賞不同地方的美好風景。
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